L’estructura de les tres COPs és semblant, i el més important per un centre de recerca com el CREAF, totes tres tenen un panell científic que hi aporta dades i produeix avaluacions que serveixen perquè les propostes a negociar estiguin basades en la ciència. Aquests panells científics són únics per cada cas i estan oberts a persones científiques de tot el món que poden entrar-hi i aportar la seva expertesa. En el cas de la COP del clima hi ha l'IPCC (Grup Intergovernamental d'Experts sobre el Canvi Climàtic), que avalua la recerca científica sobre l'escalfament global, els seus impactes i les possibles respostes. Al CREAF tenim en Jofre Carnicer que en forma part. A la COP de biodiversitat, aquesta funció científica la desenvolupa principalment l'IPBES (Plataforma Intergovernamental sobre Biodiversitat i Serveis Ecosistèmics), que avalua l'estat de la biodiversitat i les causes de la seva pèrdua. Al CREAF tant en Jordi Bosch com en Lluís Brotons hi han participat en diferents moments, tot i que ara és en Lluís Brotons qui hi té un paper més destacat. Finalment, a la COP de desertificació, hi ha l'SPI (la Interfície Ciència-Política per les seves sigles en anglès) que treballa per connectar el coneixement científic amb les polítiques de lluita contra la degradació de les terres i les sequeres.
Aquests tres panells científics, però, no treballen sols, cada COP també té un panell més pràctic que s’encarrega de la part tècnica i d'assessorament als convenis. Aquests òrgans ajuden a convertir el coneixement en recomanacions per als governs, que són els responsables de negociar i aprovar els acords. A la COP del clima rep el nom de SBSTA (Subsidiary Body for Scientific and Technological Advice), i assessora en qüestions científiques i tecnològiques; a la COP de biodiversitat, és un nom similar, l'SBSTTA (Subsidiary Body on Scientific, Technical and Technological Advice) que examina qüestions científiques, tècniques i tecnològiques relacionades amb la conservació i l'ús sostenible de la biodiversitat; i a la COP de desertificació, és el CST (Comitè de Ciència i Tecnologia), que assessora sobre els aspectes científics i tecnològics de la lluita contra la degradació de les terres.
A més, tant la COP del clima com la de biodiversitat disposen d'un altre òrgan subsidiari, anomenat SBI (Subsidiary Body for Implementation), que se centra en l'aplicació dels acords. La seva feina és revisar com avancen els compromisos adquirits pels països, identificar les dificultats per complir-los i formular recomanacions per millorar-ne la implementació. És a dir, mentre els òrgans científics i tècnics ajuden a determinar què cal fer i sobre quina base científica, l'SBI posa el focus en com es porta a la pràctica allò que s'ha acordat.