La estructura de las tres COPs es similar, y lo más importante para un centro de investigación como el CREAF, las tres tienen un panel científico que aporta datos y produce evaluaciones que sirven para que las propuestas a negociar estén basadas en la ciencia. Estos paneles científicos son únicos en cada caso y están abiertos a personas científicas de todo el mundo que pueden entrar y aportar su experiencia. En el caso de la COP del clima se encuentra el IPCC (Grupo Intergubernamental de Expertos sobre el Cambio Climático), que evalúa la investigación científica sobre el calentamiento global, sus impactos y las posibles respuestas. En el CREAF tenemos a Jofre Carnicer que forma parte. En la COP de biodiversidad, esta función científica la desarrolla principalmente el IPBES (Plataforma Intergubernamental sobre Biodiversidad y Servicios Ecosistémicos), que evalúa el estado de la biodiversidad y las causas de su pérdida. En el CREAF tanto Jordi Bosch como Lluís Brotons han participado en diferentes momentos, aunque ahora es Lluís Brotons quien tiene un papel más destacado. Finalmente, en la COP de desertificación, se encuentra el SPI (la Interfaz Ciencia-Política por sus siglas en inglés) que trabaja para conectar el conocimiento científico con las políticas de lucha contra la degradación de las tierras y las sequías.
Sin embargo, estos tres paneles científicos no trabajan solos, cada COP también tiene un panel más práctico que se encarga de la parte técnica y de asesoramiento a los convenios. Estos órganos ayudan a convertir el conocimiento en recomendaciones para los gobiernos, que son responsables de negociar y aprobar los acuerdos. En la COP del clima recibe el nombre de SBSTA (Subsidiary Body for Scientific and Technological Advice), y asesora en cuestiones científicas y tecnológicas; en la COP de biodiversidad, es un nombre similar, el SBSTTA (Subsidiary Body on Scientific, Technical and Technological Advice) que examina cuestiones científicas, técnicas y tecnológicas relacionadas con la conservación y uso sostenible de la biodiversidad; y en la COP de desertificación, es el CST (Comité de Ciencia y Tecnología), que asesora sobre los aspectos científicos y tecnológicos de la lucha contra la degradación de las tierras.
Además, tanto la COP del clima como la de biodiversidad disponen de otro órgano subsidiario, llamado SBI ( Subsidiary Body for Implementation ), que se centra en la aplicación de los acuerdos. Su trabajo es revisar cómo avanzan los compromisos adquiridos por los países, identificar las dificultades para cumplirlos y formular recomendaciones para mejorar su implementación. Es decir, mientras los órganos científicos y técnicos ayudan a determinar qué hacer y sobre qué base científica, el SBI pone el foco en cómo se lleva a la práctica lo acordado.