ENGRESCATS-Hi-C

El projecte s’emmarca dins de l’Earth BioGenome Project (EBP), una iniciativa internacional destinada a generar genomes de referència d’alta qualitat per a totes les espècies eucariotes. En el marc del consorci ENGRESCATs, hem generat dades de seqüenciació de lectura llarga i assemblatges genòmics a nivell de contig per a diverses espècies. No obstant això, hi ha hagut dificultats tècniques importants per a la implementació de protocols Hi-C i en l'obtenció de dades de qualitat en espècies vegetals recalcitrants.

La proposta actual té com a objectiu principal superar aquestes limitacions i avançar cap a la generació de genomes vegetals d’alta qualitat seguint els estàndards de l’EBP. En primer lloc, es completaran set genomes mitjançant la generació de dades Hi-C externalitzades per obtenir assemblatges a nivell cromosòmic. Els genomes generats seran anotats estructuralment i funcionalment i seran publicats. En segon lloc, s’optimitzaran protocols d’extracció d’HMW DNA en espècies de difícil tractament, especialment aquelles amb estructures epidèrmiques protectores. També es milloraran els protocols d’aïllament de nuclis i de preparació de llibreries Hi-C per obtenir el know-how dins la CBP i guanyar independència. Totes les optimitzacions metodològiques seran documentades de manera sistemàtica per posar-les a disposició de la comunitat científica.

FUNDING