ENGRESCATS-Hi-C

El proyecto se enmarca dentro del Earth BioGenome Project (EBP), una iniciativa internacional destinada a generar genomas de referencia de alta calidad para todas las especies eucariotas. En el marco del consorcio ENGRESCATs, hemos generado datos de secuenciación de lectura larga y ensamblajes genómicos a nivel de contig para diversas especies. No obstante, se han producido importantes dificultades técnicas en la implementación de protocolos Hi-C y en la obtención de datos de calidad en especies vegetales recalcitrantes.

La presente propuesta tiene como objetivo principal superar estas limitaciones y avanzar hacia la generación de genomas vegetales de alta calidad siguiendo los estándares del EBP. En primer lugar, se completarán siete genomas mediante la generación externalizada de datos Hi-C para obtener ensamblajes a nivel cromosómico. Los genomas generados serán anotados estructural y funcionalmente y serán publicados. En segundo lugar, se optimizarán protocolos de extracción de ADN HMW en especies de difícil procesamiento, especialmente aquellas con estructuras epidérmicas protectoras. También se mejorarán los protocolos de aislamiento de núcleos y de preparación de librerías Hi-C para generar el know-how necesario dentro de la CBP y aumentar su autonomía. Todas las optimizaciones metodológicas se documentarán de forma sistemática para ponerlas a disposición de la comunidad científica.

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