El CREAF da respuestas globales a los problemas y retos relacionados con la calidad del agua, particularmente en el ámbito Mediterráneo. La evaluación de la calidad del agua incluye la calidad química, microbiológica y ecotoxicológica.

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• Coordinación de la red seguimiento de la composición química de la lluvia de Cataluña. 
• Control de la calidad del agua de la cuenca hidrológica del Montseny.